Como todo en la vida, nada es perfecto. La mayoría de los programas sociales que surgen como respuesta a una problemática en específico suelen tener numerosos beneficios, pero también tienen desventajas que deben ser tomadas en consideración.
En el Modelo de Alzira, dentro de las desventajas que se han evaluado, al ser un proyecto mayormente financiero, siempre será preocupante la opacidad en el control de gasto, ya que se teme que la Sanidad infle las cuentas del hospital con el fin de obtener más ingresos.
Otra cosa que también ha sido denunciada con anterioridad es la arbitrariedad al momento de asignar los recursos, no teniendo como factor determinante los criterios estrictos de salud pública, sino solo tomando en cuenta la rentabilidad de la inversión. En numerosas ocasiones se ha podido comprobar la complicidad entre responsables políticos y de la empresa concesionaria.
A pesar de que los programas sociales traen consigo ventajas, estos deben tener sistemas de control externos para que se mantengan funcionando de forma correcta.